訂嘉義市為省轄市，設嘉義市稅務稽徵所，民國36年改稱稅捐稽徵處。
全台行政區域調整，嘉義市改制為嘉義縣，本市改為嘉義縣轄市，本處亦併入嘉義縣稅捐稽徵處。
嘉義市改制升格為省轄市，並設市稅捐稽徵處但仍與嘉義縣稅捐稽徵處合署辦公。
與嘉義縣稅捐稽徵處正式分署辦公，編制員額為135人。
配合營業稅民國92年1月1日移撥國稅局，本處辦理組織修編，修編後員額為115人。
為配合地方制度法及嘉義市政府組織自治條例修正，自97年1月31日起更名為「嘉義市政府稅務局」。
為使嘉義市政府財源規劃管理一元化，靈活運用人力資源，將財政處與本局整併成立「嘉義市政府財政稅務局」，修編後員額為119人。
